प्राज्ञ परिषद् प्रज्ञा–प्रतिष्ठानको कार्यकारी निकाय हो । यसले प्राज्ञ सभाका निर्णयहरु कार्यान्वित गर्ने, सभाद्वारा दिइएका निर्देशनहरु पालन गर्ने, गराउने तथा प्रतिष्ठानको वार्षिक कार्यक्रम तथा बजेटको सञ्चालन गर्ने कार्य गर्दछ ।

प्राज्ञपरिषद्को गठन देहायबमोजिम छ–
(क) कुलपति – अध्यक्ष
(ख) उपकुलपति – उपाध्यक्ष
(ग) प्रधानमन्त्रीबाट मनोनीत बढीमा विभिन्न विधा र क्षेत्रका आठ जना विज्ञहरु – सदस्य
(घ) प्रज्ञा–प्रतिष्ठानका सचिव – सदस्य–सचिव

प्राज्ञ परिषद्का पदाधिकारी लगायत प्राज्ञ सभाको गठन संस्कृति मन्त्रीको अध्यक्षतामा अन्य दुई विज्ञहरु रहेको प्रधानमन्त्रीद्वारा गठित समितिको सिफारिसमा प्रतिष्ठानको प्रमुख संरक्षक प्रधानमन्त्रीबाट हुन्छ ।

वर्तमान प्राज्ञ परिषद्

क्र. सं.		नाम थर	पद
१.		कुलपति श्री भूपाल राई	कुलपति
२.		श्री विमलकृष्ण श्रेष्ठ (विमल निभा)	उपकुलपति
३.		डा. मधुसूदन गिरी	सदस्य
४.		डा. कृष्णराज अधिकारी	सदस्य
५.		श्री राजन मुकारुङ	सदस्य
६.		श्री बाबा बस्नेत	सदस्य
७.		डा. कौशिला रिसाल	सदस्य
८.		श्री हंसावती कुर्मी	सदस्य
९.		श्री अमर न्यौपाने	सदस्य
१०.		श्री त्रैलोक्यमान बनेपाली (अगिव)	सदस्य
११.		डा. धनप्रसाद सुवेदी	सदस्य सचिव